数据分析

HTSeq-count是用于NGS数据分析一个Python脚本包的一部分,但是它的使用不需要Python的任何知识。Hseq-count需要比对文件为SAM/BAM格式,基因组注释文件为GFF/GTF文件。请注意,为了使Read的比对位置与基因组特征匹配,比对文件和注释文件必须具有相同的染色体名称。HTSeq-count先找出reads比对上的外显子,然后根据GTF文件中外显子的基因ID统计外显子