最近小编看了几篇基因组的文章，觉得研究的问题还是非常有意思的，后面有时间可以和大家分享文章研究的问题和具体的思路设计。

今天先跟大家说下做基因组的重要性。

1、为啥要做基因组

有一个大牛说过基因组是一个物种研究的基础，这句话一点都不过分。

按照王健林的语气：

研究一个物种其实很重要

首先订一个小目标

得到一个高质量的基因组

高质量的基因组的指标在于组装水平：N50（contig，scaffold）还有就是完整度。

基因组组装了，后面基因注释效果还可以的情况下，重测序、遗传进化、转录组才可以做而且有意义。如果基因组质量都很差，或者压根没有，你后面其他的分析再好，很有可能就是个渣渣。

所以说基因组就是物种分析的基础，物种研究万事从基因组入手吧，别花冤枉钱。

小伙伴们，你现在做的分析，基因组准确性有多高，靠谱吗？

2、我做过基因组了，还要提升吗？

二代测序数据组装的结果往往完整度都不会特别高，因为高杂合、高重复、高GC的区域，测序都有问题，肯定不会有好结果。

有一些组装效果还可以的，其中评估的技术细节，我都清楚是怎么来的，质量还是比较渣的。

上一个阶段基因组的组装效果contig  N50 大概在几十Kb，scaffold 在 几百Kb。组装完整度：80%-90% ，利用BUSCO评估完整度基因区在70%-80%。（根据研究过的项目估计的，不一定准，但是趋势没问题）

而现在新测序技术的出现，可以把上面的指标提升大概5-10倍，如果你还抱残守缺，你就没有任何机会啦。

这里抢占一个高质量的基因组，不亚于占领一个高的狙击点~~~~

如果你听小编的，如果不差钱，一定得提升，虽然没有思路，哪怕就是占个坑，都非常有用。

3、现在基因组文章的思路趋势

原来基因组的文章更多的都是关注基因组特征、特定性状相关的调控基因和通路，还有就是比较基因组学分析。

但是这几年基因组学文章有两个趋势：

1、方法主导型

方法主导型又可以成为多组学联合分析，这样的项目的特点是物种不是很重要，或者就是别人已经发表过了。这样的项目往往还是会关注很多的点，但是会用多种组学方法去验证。

相关的类型：比如基因组组学+群体遗传进化+重测序+转录组

基本是广泛撒网，然后找到啥挖啥。

2、问题主导型

作者很清楚自己要做啥，文章的设计方案很简单，虽然是基因组项目，但是不感兴趣的分析，一丁点都不做（跟1相反）。所有的文章中分析内容都是为了核心的一个问题进行服务的。所以从选材、分析、验证都是很简单，套路很少。

在物种被研究的越来越多的情况下，我感觉高质量的基因组和高质量的研究，会成为趋势。

小而精会成为基因组研究的趋势。

大家想评估基因组好坏或者有相关的意向，小便可以帮助评估。

无论如何，还是觉得要重申基因组测序很重要，基因组是基础。

想起高中老师经常说的话：

基础不牢、地动山摇

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