生信分析Linux常用命令大全：高效操作指南

引言 对于生信分析，掌握Linux命令是必备技能。本文系统整理六大核心场景的常用命令（文本处理、权限管理、压缩解压、文件查看、集群空间、管道符），附详细示例，助你彻底摆脱"边查边用"的困境！（文末附有100+命令） 一、文本处理 场景：数据清洗、配置修改、文件重命名等1. grep - 文本搜索 1.1 搜索包含"error"的行（区分大小写） grep "error" app.log1.2 忽略大小写 + 显示行号 grep -in "timeout" system.log1.3 递归搜索目录下所有文件 grep -r "connection refused" /var/log/2. sed - 流编辑器 2.1 替换文件中所有"old"为"new" sed 's/old/new/g' config.txt2.2 删除空白行 sed '/^$/d' data.txt2.3 仅修改第5行内容     sed '5s/hello/world/' test.txt3. awk - 文本分析工具 3.1 提取日志中第1列（默认空格分隔） awk '{print $1}' access.log3.2 统计Nginx日志状态码出现次数 awk '{print $9}' access.log | sort | uniq -c3.3 自定义分隔符（CSV文件） awk -F ',' '{print $2,$3}' data.csv4.rename – 重命名工具4.1 将当前目录下所有csv改为为txtreame ‘csv’ ‘txt’ * 二、目录与权限管理 场景：系统部署、多用户协作 1 权限控制  1.1 赋予用户执行权限   1.1.1 chmod u+x script.sh1.2 递归修改目录权限  1.1.2 chmod -R 777 /home/1.3 权限修改速查表

理解为r=4，w=2，x=1

​2. 目录操作 2.1 创建多级目录 mkdir -p src/utils/helpers2.2 复制保留文件属性（权限/时间戳） cp -a backup/ /mnt/archive/2.3 安全删除（确认提示） rm -i *.tmp 三、压缩与解压技巧 场景：数据备份、文件传输 

关键参数解析：-z：gzip压缩 -j：bzip2压缩 -v：显示过程 -C：指定解压目录  四、文件查看与编辑 场景：实时监控日志、快速定位配置 1. 查看文件内容 1.1 查看文件尾部（实时追踪日志） tail -f /var/log/nginx/access.log

1.2 显示文件前100行 head -n 100 data.csv

1.3 查看大文件（支持搜索跳转） less -SN system.log2. 查看目录 

2.1 查看目录下文件ls /home/

2.2 查看目录下文件权限，修改日期等详细信息ls -lh /home/五、集群空间管理 场景：分布式存储、磁盘预警 1. 磁盘空间分析 

1.1 查看各分区使用率 df -h

1.2 统计目录大小du -sh *2. 内存与进程监控 

2.1 实时显示所有用户CPU/内存占用 top

2.2 显示当前用户任务以及CPU/内存占用ps fux六、管道符应用 场景：复杂数据处理、自动化脚本 1.上一条命令输出作为下一条命令输入

1.1 查看各分区使用率并用less显示df -h | less -SN七、命令速查表：1 文件和目录操作命令

7 进程管理命令命令作用

8 网络管理命令命令作用