背景介绍

线粒体由于其较为保守，常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法，可能大家较为陌生，小编在此简单的介绍下常用的测序策略。

方法

1、代测序技术

主要是基于克隆文库和PCR扩增的方法进行测序，主要的方法包括线粒体分析和不分离两种情况。

（1）物理分离线粒体方法测序

顾名思义，本方法利用物理方法（密度梯度法、差速离心法）获取高纯度的mtDNA，然后利用酶切之后，选择长度合适，克隆到质粒中进行测序。

该方法能够获取较为高质量的mtDNA，但是其操作繁琐、对于人力、物力消耗较高。无法用于大多数物种的线粒体基因组测序。

（2）基于PCR扩增产物直接测序

该方法避免了从样本中直接提取纯化mtDNA的过程，直接利用总的DNA提取物，利用PCR扩增出线粒体特定片段，纯化之后直接测序。

2、二代测序技术

根据是否纯化mtDNA，分为两种。

（1）基于预扩增mtDNA的高通量方法

首先设计引物，将mtDNA识别出来，然后对不同的物种的mtDNA加上PTS（标记），这样一次性可以测定几百个线粒体基因组。

（2）无需预扩增的mtDNA的高通量方法

直接对基因组中所有的DNA序列进行测序，然后利用参考线粒体基因组进行筛选和区分。

其他：利用转录组数据获取线粒体基因组序列。

总结

现在二代测序费用相当便宜了，并且参考基因组相对较多，个人觉得无需预扩增的mtDNA的高通量方法应该会成为线粒体测序的主要策略。

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